Σε ποσοστό 6,25% σε σχέση με τη «δέλτα» την προτελευταία εβδομάδα του χρόνου…

Στη δημοσιότητα δόθηκαν τα στοιχεία από το Eθνικό Δίκτυο Γονιδιωματικής Επιτήρησης του ιού SARS-CoV-2, για την ανάλυση 1.308 νέων δειγμάτων μέχρι τις 27 Δεκεμβρίου 2021.

Τα 1.255 αποδείχθηκαν δείγματα με στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος και από αυτά τα 976 αφορούν στο στέλεχος Delta, και 279 αφορούν στο Omicron (22,23%).

Από τα 1.255 δείγματα τα 144 αντιστοιχούν σε δείγματα από τη Στερεά Ελλάδα, που ανέδειξαν για την εβδομάδα αναφοράς, 9 με στέλεχος Omicron (6,25%) και 135 με Delta.

Ειδικότερα, τα 4 από αυτά είναι στην Εύβοια (9,3%), τα 3 στη Βοιωτία (5%) και τα 2 στη Φθιώτιδα (11,76% με ακόμη 15 δείγματα με Delta).

Με βάση τα συνολικά στοιχεία των εβδομάδων αναφοράς, η μετάλλαξη Omicron μέχρι τις 19 Δεκεμβρίου ήταν στο 1,51% και η πρόβλεψη μέχρι τις 2/1/2022 (εβδομάδες 51-52) ότι φτάνει το 45% (διπλασιασμός σε σχέση με το 22,23% την εβδομάδα μετά τα Χριστούγεννα).

Το γονίδιο Spike

Η παραλλαγή Omicron (B.1.1.529/BA.1) χαρακτηρίζεται από την παρουσία μιας διαγραφής νουκλεοτιδίων, της διαγραφής 69-70 (del69-70) στο γονίδιο S (Spike) του ιού. Η διαγραφή αυτή έχει ως αποτέλεσμα την αδυναμία ενίσχυσης ενός εκ των τριών γονιδιακών στόχων, του γονιδίου S, σε συγκεκριμένη εμπορικά διαθέσιμη διαγνωστική δοκιμασία μοριακού ελέγχου (RT-PCR), που εφαρμόζεται σε ορισμένα εργαστήρια στη χώρα μας και ευρύτερα παγκοσμίως. Επιπλέον, προκαταρκτικός έλεγχος για πιθανά κρούσματα του στελέχους Όμικρον, πραγματοποιείται και με εναλλακτικά πρωτόκολλα μοριακού ελέγχου (RT-PCR), που στοχεύουν στην ύπαρξη συγκεκριμένων μεταλλάξεων σε διαφορετικές περιοχές του γονιδίου S, οι οποίες είναι ειδικές για το στέλεχος Όμικρον.

Θετικά δείγματα που έχουν ελεγχθεί με τα συγκεκριμένα πρωτόκολλα μοριακής διάγνωσης και χαρακτηρίζονται από αδυναμία ενίσχυσης του γονιδίου S, εγείρουν ισχυρή υποψία ότι πρόκειται για πιθανά κρούσματα του στελέχους Όμικρον (B.1.1.529/BA.1) στην παρούσα φάση της πανδημίας.

Η αξιολόγηση του συγκεκριμένου μοριακού ευρήματος κατά τον μοριακό έλεγχο (αδυναμία ενίσχυσης του γονιδίου S) επιτρέπει μια προκαταρκτική εκτίμηση σε πραγματικό χρόνο της επίπτωσης της Όμικρον (B.1.1.529/BA.1) στο σύνολο των θετικών μοριακών ελέγχων. Η ακριβής εκτίμηση της επίπτωσης της Όμικρον μπορεί να γίνει μόνον με την αλληλούχιση του πλήρους γονιδιώματος του ιού από αντιπροσωπευτικά θετικά δείγματα (γονιδιωματική επιτήρηση).

Το παρακάτω διάγραμμα παρακολουθεί το ποσοστό θετικών δειγμάτων SARS-CoV-2 με αδυναμία ενίσχυσης του γονιδίου S, που φτάνουν τα 9.449 σε σύνολο 15.065 θετικούς μοριακούς ελέγχους. Παρατηρήστε ότι μέχρι τις 2/1/2022 αγγίζει το 84% και από κει ακολουθεί πτωτική τάση:

Στοιχεία από τα παρακάτω εργαστήρια:

1. Εργαστήριο Κλινικής Ιολογίας Κρήτης Ιατρικής Σχολής Πανεπιστημίου Κρήτης
2. Εργαστήριο Υγιεινής και Επιδημιολογίας Πανεπιστημίου Θεσσαλίας
3. Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Ιατρική Σχολή, ΑΠΘ
4. Κεντρικό Εργαστήριο Δημόσιας Υγείας, ΕΟΔΥ
5. Ίδρυμα Ιατροβιολογικών Ερευνών Ακαδημίας Αθηνών (ΙΙΒΕΑΑ)
6. Εργαστήριο Μοριακής Διάγνωσης Λοιμογόνων Παραγόντων, Τμήμα Ιατρικής, Παν/ο Πατρών